درباره هویت معرفتی و روش حکمت متعالیه آرا متعددی بمیان آمده است. گروهی از صاحبنظران با تلاش برای رفع اتهام تناقض و تهافت در آثار ملاصدرا به بررسی و تبیین روش فلسفه ورزی وی پرداخته اند. استاد حایری یزدی حکمت متعالیه را دارای زبان برتر اصالت وجود می داند که به بررسی زبانهای موضوعی نظامهای پیشین می پردازد. وی مدعی است «فرازبان» تلقی کردن حکمت متعالیه می تواند آنرا از اتهام تلفیق و نااستواری برکنار دارد و نوآوریهای آنرا تبیین کند.فرازبان و زبان موضوعی، که از مفاهیم کلیدی معناشناسی تارسکی هستند، پیش از وی نیز درباره زبانهای صوری شده بکار رفته اند. فرازبان بمعنای خاص کلمه، قابل تطبیق بر حکمت متعالیه نیست، اما وجود فرازبان بمعنای نوعی فراوری در برخی بخشهای حکمت متعالیه قابل پذیرش است. با این حال، این نظریه در تبیین ماهیت و روش حکمت متعالیه کافی بنظر نمی رسد و رفع رخنه های موجود در آن نیازمند نظریه های کاملتری است.